Prodi Matematika UIN Sunan Kalijaga telah mulai menjalankan program MBKM, salah satunya adalah pelaksanaan pertukaran mahasiswa. Pertukaran mahasiswa dilakukan dengan memanfaatkan layanan integrasi PERMATA (Pertukarana Mahasiswa Tanah Air) PTKI. Program ini mefasilitasi mahasiswa untuk mengikuti mata kuliah yang ditawarkan oleh berbagai prodi di PTKIN diseluruh Indonesia (Exbound) dan menfasilitasi mahasiswa dari berbagai PTKIN untuk mengabil mata kuliah yang ditawarkan pada prodi Matematika UIN Sunan Kalijaga. Proses Exbound maupun Inbound dilakukan melalui website Permata (http://permatauin.id) dengan bantuan operator prodi Matematika UIN yaitu Arif Munandar, M.Sc.

Periode Semester genap tahun 2022 ini, prodi matematika menawarkan beberapa mata kuliah dalam website tersebut. Mata kuliah yang ditawarkan adalah mata kuliah yang menjadi penciri prodi matematika UIN Sunan Kalijaga diantaranya Kriptografi (MAT415030), Keterpaduan Islam dan Iptek (MAT 404068), Matematika Ekonomi Syariah (MAT 404070) dan Matematika Hisab Rukyat (MAT 404071). Tercatat sebanyak 23 mahasiswa belajar (Inbond) di Prodi Matematika UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta, yang berasal dari UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, UIN Maulana Malik Ibrahim Malang, dan UIN Sumatera Utara, dengan rincian sebagai berikut:

1. Sebanyak 20 Mahasiswa mengambil mata kuliah Kriptografi yang diampu oleh Muhamad Zaki Riyanto, M.Sc.
2. Sebanyak 2 Mahasiswa mengambil mata kuliah Matematika Hisab Rukyat yang diampu oleh Dr. Iwan Kuswidi, M.Si
3. Sebanyak 1 Mahasiswa mengambil mata kuliah Keterpaduan Islam dan Iptek yang diampu oleh Dr. Muhammad Wahid Musthofa, M.Si