Program Studi Pendidikan Matematika UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta secara resmi didirikan untuk pertama kalinya pada tanggal 29 Maret 1999 dengan nama Tadris Matematika, pada saat itu kampus masih bernama Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta. Program Studi Tadris Matematika menjadi bagian dari Jurusan Pendidikan Agama Islam, Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Pendirian Program Studi Tadris Matematika didasarkan pada Keputusan Nomor E/58/1999.

Pada tahun 2004, IAIN Sunan Kalijaga berkembang dan berubah menjadi UIN Sunan Kalijaga. Dua tahun setelah perubahan tersebut, Program Studi Pendidikan Matematika dipindahkan menjadi bagian dari Fakultas Sains dan Teknologi. Pada awal perpindahan hingga tahun 2011, Ketua Program Studi Pendidikan Matematika mengawasi dua program studi, yaitu Program Studi Pendidikan Matematika dan Program Studi Matematika. Program Studi Matematika UIN Sunan Kalijaga saat ini berada di bawah Fakultas Sains dan Teknologi, sedangkan Program Studi Pendidikan Matematika berada di bawah Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan.

Matematika sebagai disiplin ilmu telah berkembang sejak zaman kuno di berbagai peradaban, termasuk peradaban Islam. Pada masa keemasan Islam di pertengahan abad, para ilmuwan Muslim memberikan kontribusi besar pada berbagai bidang ilmu pengetahuan, termasuk matematika. Mereka menerjemahkan karya klasik Yunani dan India ke dalam bahasa Arab, menyumbangkan pengetahuan baru, dan mengembangkan teknik-teknik baru dalam matematika.

Di UIN Sunan Kalijaga, landasan historis Program Studi Matematika mencakup penelusuran perkembangan matematika dalam peradaban Islam, seperti kontribusi para ilmuwan Muslim terkenal seperti Al-Khwarizmi, Al-Kindi, dan Ibn al-Haytham. Selain itu, dapat juga mencakup perkembangan matematika dalam konteks lokal Indonesia, seperti sistem bilangan yang ada di Nusantara.

Selain itu, landasan historis Program Studi Matematika di UIN Sunan Kalijaga juga dapat mempertimbangkan hubungan antara matematika dan Islam, termasuk konsep matematika yang terdapat dalam Al-Qur'an dan Hadits serta penggunaan matematika dalam Ilmu Falak (Astronomi Islam) dan Matematika Ekonomi Syariah.

Daftar Kaprodi Matematika:

1. Prof. Dr. Khurul Wardati, M.Si. (2004-2008)
2. Sri Utami Zuliana, M.Si, Ph.D. (2008-2012)
3. Muchammad Abrori, M.Kom. (2012-2015)
4. Prof. Dr. Muhammad Wakhid Musthofa, M.Si. (2015-2020)
5. Muchammad Abrori, M.Kom. (2020-2024)
6. Dr. Epha Diana Supandi, M.Si. (2024-sekarang)

Sejarah Akreditasi Prodi Matematika: